Die Gesamtfläche beträgt 14,4 ha. Insgesamt besteht die Anstalt aus 17 Einzelgebäuden. Diese gliedern sich in 3 Werkstatt-, einem Schul-, einem Freizeit-, einem Versorgungs- und einem Verwaltungsgebäude sowie eine Sporthalle und ein Gewächshaus. Im geschlossenen Vollzug befinden sich 4 l-förmige Hafthäuser mit 280 Haftplätzen für männliche Gefangene.
Jedes dieser Hafthäuser ist in 6 Wohngruppen mit maximal 12 Gefangenen unterteilt. Hierdurch ist eine besserer Differenzierung der Gefangenen möglich. Zudem verfügt jedes Hafthaus über einen eigenen Sport- und Freihof. Die Jugendstrafanstalt Arnstadt ist für den Vollzug der Jugendstrafe und der Untersuchungshaft an männlichen Gefangenen von 14 bis 24 Jahren zuständig. Außerdem wird hier die Freiheitsstrafe an jungen erwachsenen Gefangenen bis zum 24. Lebensjahr vollstreckt.
Ab Mai 2016 werden in der JSA Arnstadt außerdem junge erwachsene Strafgefangene untergebracht, die sich im Erstvollzug befinden, zu einer Freiheitsstrafe von bis zu 3 Jahren verurteilt wurden und die zum Zeitpunkt der Einweisung nicht älter als 27 Jahre sind. Die Jugendstrafanstalt Arnstadt verfügt insgesamt über 280 Haftplätze im geschlossenen Vollzug und 20 Haftplätze im offenen Vollzug.
Die Belegungsfähigkeit beträgt 252 Haftplätze im geschlossenen Vollzug. Die Gliederung erfolgt in 5 Vollzugsabteilungen. Die Unterbringung der Gefangenen erfolgt in insgesamt 29 Wohngruppen. Die Gefangenen werden in der Regel in Einzelhafträumen untergebracht.
Gefangene, die den Anforderungen des offenen Vollzuges genügen, werden in der Abteilung des offenen Vollzuges untergebracht. Diese Gefangenen werden zu Außenarbeiten, zu gärtnerischen und landwirtschaftlichen Tätigkeiten wie z.B. auf dem Klostergut Ichtershausen eingesetzt oder sind in einem freien Beschäftigungs- oder Ausbildungsverhältnis tätig. Außerdem werden Gefangene des offenen Vollzuges bei der Stadt Arnstadt, Forstamt, eingesetzt. Durch eine Vielzahl von Freizeitangeboten soll den Gefangenen vermittelt werden, ihre Freizeit sinnvoll zu gestalten. Dazu gehören neben Kraftsport, Fußball und einer Laufgruppe z.B. auch Klavieruntericht, eine eigene „Gitterband“ sowie durch die Wohngruppenbeamten angeleitete Wohngrupp- enfreizeitmaßnahmen. Behandlungsmaßnahmen werden sowohl durch anstaltsinternes Personal als auch durch Externe durchgeführt. Delikt orientierte Psychotherapie-, Sexualstraftäter-, Delikt- und Suchtgruppen werden ebenso angeboten wie ein Antiaggressionstraining.
